اسکن PET (برشنگاری گسیل پوزیترون) بسیاری از همان مزایای اسکن MRI را دارا است، ولی از نظر تفکیکپذیری فضایی در حد MRI نیست. با این حال، مزیت آن این است که به جای اندازهگیری جریان خون که فقط یک نشانگر غیرمستقیم مصرف انرژی در بدن است، اسکن خود مصرف انرژی را اندازهگیری میکند، بنا بر این، رابطهی نزدیکتری با فعالیت عصبی دارد.
اما اسکن PET عیب دیگری نیز دارد. بر خلاف اسکنهای MRI و EEG، اسکن PET کمی پرتوزا است، بنا بر این، بیماران نمیتوانند به طور مداوم از آن استفاده کنند. به طور کلی، یک شخص سالی بیش از یک اسکن PET نباید انجام دهد، چرا که اشعه برای او خطر ایجاد میکند.