528 yılında yapılan Galata surlarına ek olarak, Cenevizliler tarafından 1384 yılında yapımıyla başlamıştır. Cenevizlilerin İsa Kulesi, Bizanslıların Büyük Burç olarak adlandırdığı kule adını bağlı olduğu Galata'dan almaktadır. Kulenin doğu kısmında Bereket zade Çeşmesi ile ikinci dönem sur kalıntıları, güney kısmında Galat Kulesi sokağı, batı kısmında kule çıkmazı ve kuzey kısmında Küçük ve Büyük Hendek caddeleri yer alır.
Kule İstanbul'un orta kısmında yer aldığından, Haliç, İstanbul Boğazı ve İstanbul'u seyri panaromik olarak izlenebilir. 1402 tarihinde 4. Haçlı seferi sırasında tahrip edilmiş, 1445-1446 yıllarında yeniden yapılmıştır. 2. Murat'la iyi ilişkiler kuran Cenevizliler, yan tarafa sultanın yardımıyla ikinci bir kule yaparak, buraya 2. Murat'ın adını vermişler. İstanbul'un fethine kadar Ceneviz sömürgesi olarak kalmıştır. Fetihten sonra Cenevizlilere bazı haklar verilerek, Galata'nın Türkleştirilme çalışmaları devam etmiştir. Bu dönemden sonra her yüzyıl tamir gören kulede, 16. yüzyılda Kasımpaşa tersanelerinde çalıştırılmış olan Hıristiyan esirlere barınak olmuştur. Sultan 3. Murat döneminde kurulan rasathane 1579 yılında kapatılmıştır. İstanbul yangınlarında gözetleme yeri olarak kullanılmıştır. 3. Selim ve 2. Mahmud dönemlerinde de onarılan kule, en son 1960 yılında onarılarak, düzeni değiştirilmiştir. Kulenin altında bulunan kule kadar derin çukurlarda kafatası ve kemikler bulunmuştur. Kulenin orta kısmındaki boşluk, zindan olarak kullanılmıştır.
