بدیهی است که عفونتهای باکتریایی بر اثر باکتریها ایجاد میشوند و عفونتهای ویروسی بر اثر ویروسها. شاید بتوان گفت که مهمترین تفاوت بین این دو دسته از عفونتها آن است که برای درمان عفونت باکتریایی میتوان از آنتیبیوتیک استفاده کرد، درحالیکه آنتیبیوتیکها هیچ تأثیری بر روی ویروسها ندارند.
اکثر باکتریها باعث عفونت نمیشوند و حتی بعضی از آنها برای ما مفید هستند و بخشی از فلور طبیعی رودهی ما تشکیل میدهند.
با این حال، بعضی از باکتریها بیماریزا هستند و بیماریهای شدیدی ایجاد میکنند. نمونههایی از بیماریهایی که بر اثر باکتریها ایجاد میشوند، شامل گلودرد، سل، و عفونت دستگاه ادراری هستند. استفادهی بیرویه از آنتیبیوتیکها سبب شده است که باکتریها نسبت به درمانهای موجود مقاوم شوند.
از طرف دیگر، ویروسها کوچکتر از باکتریها هستند و برای تکثیر نیاز به سلول میزبان دارند. در غیر این صورت، نمیتوانند زنده بمانند. وقتی که سلول وارد بدن میشود، به سلولهای بدن حملهور میشود و سلول را در کنترل خود میگیرد و از امکانات درون سلول برای تکثیر خود بهره میگیرد.
برخی از بیماریهایی که بر اثر ویروسها ایجاد میشوند، شامل آبلهمرغان، ایدز، و سرماخوردگی هستند. البته بیماریهایی نیز هستند که هم ممکن است بر اثر باکتریها ایجاد شوند و هم بر اثر ویروسها. نمونهی آن ذاتالریه است.