Kızlar Sarayı, Amasya ilinin Hatuniye Mahallesindeki İç Kale’nin üzerinde bulunur.
Amasya, Helenistik Çağda Pontus Krallığına 250 yıl başkentlik yapmıştır. Dolayısıyla bu bölgede bu krallığa ait saraylar ve beş adet kaya mezarları ile birlikte kral mezarlıkları bulunmaktadır.
Bu bölgede yapılan arkeolojik kazılarda Roma başta olmak üzere, Bizans, Selçuklu ve son olarak Osmanlı devletine ait yapı harabeleri bulunmuştur.
Selçuklu Hükümdarı Sultan I.Mesud, bu bölgede zamanında cami, medrese, hamam ve saraylar yaptırmasına rağmen günümüzde sadece hamamlar ayakta kalmıştır.
Kızlar Sarayı da aslında Osmanlı döneminde II.Bayezid’in Kapuağası Firuz Ağa tarafından yapılmış bir haremdir. 15.yy. da yapıldığı bilinmektedir.
Kızlar Sarayı, 150 yıldan daha fazla bir süre Osmanlı hatunlarına, şehzadelerine ve valilerine hizmet etmiştir.
Son olarak 1852 yılına kadar faal olarak kullanılmıştır. Zamanla da kendi kaderine terk edilen saray bugün tamamen harap durumdadır.