Büyük Ağa Medresesi aynı zamanda Kapı Ağası Medresesi olarak da bilinmektedir.
1488 yılında Osmanlı Hükümdarı Sultan II.Bayezid’in Kapı Ağası olan Hüseyin Ağa tarafından Amasya merkezde yaptırılmıştır.
Planı, Osmanlının klasik medreselerinden biraz farklıdır. Selçuklu mezarlarında görülen sekizgen plan şeması ilk defa bu medrese üzerinde uygulanmıştır.
Her medresede olduğu gibi giriş kapısı, büyük yay kemerli bir kapıdan oluşmaktadır.
Medreseye girdiğinizde her iki tarafında dikdörtgen nişlerin bulunduğu küçük bir dehlizi göreceksiniz.
Medresenin ortasında ise büyük bir sekizgen avlu bulunmaktadır. Bu avlunun etrafında ise her kenarında sütunlar ve bu sütunların üzerine oturan revaklar yer almaktadır.
Bu revaklardan sonra medresede bulunan öğrencilerin hücreleri gelmektedir.
Her hücrede dikdörtgen çerçeveli ve mermerden yapılmış dışarıya bakan pencereler bulunmaktadır.
Medresenin güney tarafında ise öğrenci odalarından çok daha büyük bir dershane bulunmaktadır. Bu dershane aynı zamanda mescit olarak da kullanılmaktadır.
Medrese duvarlarının yapımında moloz taşlar ve tuğlalar kullanılmıştır.