Erzurum'un sembolü olan Çifte Minareli Medrese'nin kitabesi olmadığından yapılış tarihi tam bilinmese de 13. yüzyılın sonlarında yapıldığı tahmin edilmektedir. Selçuklu Sultanı Alaattin Keykubat'ın kızı Hundi Hatun veya İlhanlı hanedanlarından Padişah Hatun tarafından yaptırılmış olabileceği düşüncesi ile adına Hatuniye Medresesi de denilmektedir.
Bir rivayete göre çırak ve usta iki minarenin yapımı için çalışıyormuş.Çırak,minareyi ustasından daha iyi yaptığını düşünüyormuş ve ustasına bunu söylemiş.Usta buna dayanamayıp kendini minarenin tepesinden aşağı atarak intihar etmiş.Bu durumu gören çırak da üzüntüsünden kendini aşağıya atarak ölmüş.Bu duruma şahit olan işçiler de işlerini yarım bırakmışlar ve minare tamamlanamamış.