Schon 993 wurde die Ansiedlung als Handelsplatz an der Elbe erwähnt. Přemysl Otakar II. erhob in der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts den Ort zur Königsstadt. Die Rechte bestätigten und erweiterten die Könige Johann von Luxemburg und Karl IV.Die Stadt wurde nach dem Magdeburger Recht verwaltet.Während der Hussitenkriege gehörte die Stadt den Markgrafen von Meißen und wurde von den Hussiten belagert. Die Kämpfe erreichten 1426 ihren Höhepunkt am Hügel Na Běhání. Die Deutschen verloren den Kampf. Nach der Eroberung der Stadt am 16. Juni in der Schlacht bei Aussig verübten die siegreichen Hussiten unter Andreas Prokop ein Massaker an den deutschen Bewohnern der Stadt und zerstörten Aussig. Danach herrschte Jakoubek von Vřesovice. Die Chroniken beschreiben, dass die Sieger in Folge friedlich mit der deutschen Bevölkerung weiter lebten.Einen großen Aufschwung brachten das 16. und das 17. Jahrhundert. Die Stadt beteiligte sich nicht am Aufstand gegen Ferdinand I. 1547 und konnte sich dadurch wirtschaftlich entwickeln. In der zweiten Hälfte des 16. Jh. zogen verstärkt Deutsche zu, die bald mehr als die Hälfte der Bevölkerung ausmachten.Anfang des 20. Jahrhunderts lebten 40.000 Einwohner in Aussig, das sich zu einer der bedeutendsten Städte Böhmens entwickelt hatte. Der starke Zuzug vor allem Deutscher aus dem Umland in die Stadt führte 1935 zu ersten Konflikten. Konrad Henlein hielt hier eine Rede und erreichte bei den Parlamentswahlen die absolute Mehrheit. Nach dem Münchner Abkommen wurde die Stadt am 9. Oktober 1938 dem Deutschen Reich angegliedert. Am 1. Mai 1939 wurden der Stadt die Gemeinden Hottowies, Pokau, Prödlitz, Schreckenstein, Türmitz und Ziebernik eingegliedert. Gleichzeitig verließ Aussig den gleichnamigen Landkreis und bildete fortan einen eigenen Stadtkreis. In Aussig hatte ferner einer der drei Regierungspräsidenten für den Reichsgau Sudetenland seinen Sitz.Bei Luftangriffen der USAAF wurde am 17. und 19. April 1945 ein Fünftel der Stadt zerstört. 500 Menschen kamen ums Leben. Am 31. Juli 1945 kam es nach einer Explosion in einem im Stadtteil Schönpriesen gelegenen Munitionsdepot zu einem geplanten Pogrom gegen die deutsche Zivilbevölkerung. Dem Massaker von Aussig fielen nach deutschen Angaben zwischen 1000 und 2700, nach tschechischen Angaben zwischen 40 bis zu 100 Menschen zum Opfer. Symbol dieses Massakers ist die Elbebrücke zwischen der Altstadt und dem Stadtteil Schreckenstein. Zwischen 1945 und 1946 wurden aufgrund der Beneš-Dekrete etwa 53.000 Deutsche aus der Stadt vertrieben. Dies geschah in zwei Phasen. Vom Kriegsende bis Ende Juli 1945 durch wilde Vertreibung und Flucht sowie von Januar bis Dezember 1946 durch eine organisierte Aussiedlung. An die Stelle der Deutschen traten Tschechen, die sowohl aus dem Landesinneren als auch als Repatrianten aus dem Ausland zuzogen, Slowaken und Roma, die teilweise auch aus Rumänien und der Sowjetunion kamen.
