Bereits um 800 befand sich auf dem Gebiet des späteren Komotau eine kleine Kirche. Am 29. März 1252 wurde die Stadt Komotau von Friedrich von Komotau dem Deutschen Ritterorden geschenkt. Am 1. Februar 1261 verlieh Přemysl Ottokar II. dem Orden die Gerichtsbarkeit. Damals wurde noch die Bezeichnung „Villa Forensis" benutzt. Daraus schließt man, dass Chomutov zu dem Zeitpunkt noch ein Dorf war. Durch eine Schenkung der Familie Kothobor von Retschitz erhielt der Orden 1281 Krimove. Zu diesem Zeitpunkt wurde auch schon am Ordensschloss gebaut. Bis Ende des Jahrhunderts erhielten die Ritter durch Schenkungen und Kauf Gut zu Beßwitz und Otwitz.335 wurde der Komotauer Markt durch ein Privileg des König Johann von Luxemburg von Zöllen und Abgaben befreit. Außerdem erhielt die Stadt das Recht, Bier zu brauen und Wochen- und Jahrmärkte abzuhalten. Am 28. Oktober 1396 verlieh der Deutsche Orden die Stadtrechte von Komotau an Albrecht von Duben und Nikolaus von Komotau. Die Stadt erhielt ein Rathaus sowie das Recht zum Salzhandel, eine Stadtwaage, sowie Siegel und Stadtwappen.Am 30. Oktober 1407 bestätigte König Wenzel IV. den Komotauern das Recht der Bannmeile und beendete damit den Streit zwischen Adel und Bürgertum wegen des Gewerberechts zugunsten der Städte. Am 21. September 1411 musste der Landkomthur des Ordens, Ulrich von Ausk die Herrschaft Komotau an den königlichen Günstling Stephan von Kobersheim, der auch Harnischmeister genannt wurde, abtreten. 1415 ging Komotau endgültig bis 1420 an die böhmische Krone, danach wurde sie von Kaiser Sigismund von Luxemburg an den Markgrafen von Meißen verpfändet. Die Hussiten nahmen am 16. März 1421 die Stadt ein, die Bevölkerung wurde anschließend massakriert. Der hussitische Feldherr Jan Žižka ordnete an, nur so viele am Leben zu lassen, wie nötig waren, um die übrigen zu beerdigen. Bei den Kämpfen und danach starben etwa 2500 -- nach einer anderen Quelle genau 1363 -- Menschen; 1424 wurde die Stadt an Nikolaus von Lobkowicz verpfändet und später verschenkt. Nach dessen Tod wurde sie Besitz des Jakob von Wrschowitz. 1456 wurde Johann Czalta von Steinberg auf Anweisung des Königs Ladislaus Postumus der neue Herr von Komotau. Vier Jahre später starb er und sein Schwiegersohn Benedikt von Weitmühl wurde neuer Besitzer. Außerdem erhielt die Stadt von Georg von Podiebrad weitere Privilegien. Benedikt von Weitmühl starb 1560 und Ladislaus von Weitmühl und seine Vettern wurden die neuen Herren der Stadt.Während der Napoleonischen Kriege brachten bayerische und französische Kriegsgefangene 1805 das Faulfieber in die Stadt, das über 700 Todesopfer forderte. Vom 21. bis 24. August 1813, während der Napoleonischen Kriege fand in Komotau das Drei-Kaiser-Treffen statt, an dem der Zar Alexander I. von Russland, der preußische König Friedrich Wilhelm III. und der österreichische Kaiser Franz I. teilnahmen.Ab Mitte des Jahrhunderts erfolgten Gründungen im Handel und Gewerbe, aber vor allem in der Industrie, so zum Beispiel die Komotauer Sparkasse und die älteste Firma des graphischen Gewerbes, die Buchdruckerei Gebrüder Butter. Die Eisenbahnstrecke Komotau-Dux-Ossegg wurde eröffnet, später auch die Strecke nach Eger sowie die Strecken der Buschtěhrader Eisenbahn nach Prag, Weipert bzw. Reitzenhain (Sachsen) und Brunnersdorf bei Kadaň. Die „Maschinentechnische Fachschule" wurde eingeweiht. 1899 begann bei Petsch, acht Kilometer nordwestlich der Stadt, der Bau der Komotauer Talsperre für die Trinkwasserversorgung.1900 erfolgt die Einweihung der neuen im gotischen Stil erbauten Evangelischen Kirche am Eingang zum Stadtpark.Nach dem 28. Oktober 1918 wird Chomutov in die neu gegründete Tschechoslowakische Republik integriert. Zwanzig Jahre später, am 1. Oktober 1938 erfolgt der Anschluss des Sudetenlandes an das Deutsche Reich und die Besetzung durch deutsche Truppen.Am 9. Mai 1945 marschierten mit der Roten Armee zugleich tschechische Revolutionsgarden und Teile der Svoboda-Armee in die Stadt ein. Am 9. Juni 1945 mussten sich alle 8.000 deutschböhmischen Männer zwischen 13 und 65 Jahren aus Komotau und den umliegenden Dörfern auf dem Jahnsportplatz sammeln. Dort wurden nach Augenzeugenberichten zwischen 12 und 20 von ihnen erschossen, darunter einige Angehörige der Waffen-SS. Auf dem folgenden Marsch von Komotau nach Maltheuern wurden ebenfalls einige Männer erschossen, weil sie dem Zug nicht folgen konnten. Der Marsch ging entlang der Strecke: Komotau -- Görkau -- Schloss Rothenhaus -- Kunnersdorf -- Bartelsdorf -- Eisenberg -- Gebirgsneudorf -- Deutschneudorf (Sachsen) -- Nickelsdorf -- Obergeorgenthal -- Niedergeorgenthal -- Maltheuern. 2003 wurde in Deutschneudorf ein erster Gedenkstein, am 22. September 2007 auf dem Hauptfriedhof in Chomutov ein zweiter Gedenkstein in Erinnerung an diesen Todesmarsch eingeweiht.
