Pemerintah Kolonial Belanda melakukan pengasingan Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah, dikarenakan sultan Aceh yang ke-35 tersebut menolak menandatangani surat penyerahan kekuasaan yang diajukan oleh Belanda.
Tim Aliansi Lintas Sejarah Aceh dalam buku Sejarah Singkat Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah menjelaskan, pada 10 Januari 1903 Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah setelah bermusyawarah dengan Dewan Kesultanan, memutuskan untuk menghadap Pemerintah Kolonial Belanda di Sigli untuk membebaskan permaisuri dan putranya yang ditawan Belanda.
Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah Sumber
Pemimpin Belanda di Sigli Van Der Maaten membujuknya untuk menandatangani surat penyerahan kekuasaan kepada Belanda, tapi surat itu dirobek oleh Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah, sehingga ia kemudian dibawa ke Kutaraja untuk menghadap Gubernur Sipil dan Militer Belanda di Aceh. Di Kutaraja Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah ditawan di sebuah rumah di kawasan Keudah.
Meski dalam tawanan Belanda, Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah masih mengatur strategi penyerangan terhadap markas-markas Belanda di Kutaraja. Ia juga melakukan korespondensi dengan Kaisar Jepang melalui Konsul Jepang di Singapura, meminta bantuan persenjataan dari Jepang untuk kebutuhan perjuangan memerangi Belanda di Aceh.
Ketika terjadi penyeragan terhadap pos-pos Belanda di Kutaraja, Belanda melakukan penyelidikan, akhirnya diketahui bahwa semua penyerangan tersebut termasuk jalur pelarian pasukan pejuang Aceh setelah menyerang Kota Kutaraja, ternyata disusun dengan sangat terperinci oleh Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah.
Akhirnya Pemerintah Kolonial Belanda melakukan pengeledahan rumah tempat Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah ditawan di Keudah. Saat itulah ditemukan salinan surat-surat diplomasi Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah dengan Kaisar Jepang dan Sultan Turki.
Mengetahui hal itu, Gubernur Sipil dan Militer Beland di Aceh, Jendral Van Heutsz sangat berang. Ia kemudian mengambil keputusan melakukan pengasingan (externiring) Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah dan keluarganya ke Ambon.
Ketika sampai di Ambon Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah dan keluarganya diserahkan kepada keluarga Raja Samu-Samu, tapi saat penyerahan tersebut Pemeritah Kolonial Belanda tidak menjelaskan siapa Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah.
Selama pengasingan di Ambon Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah mengambil kesempatan untuk berdakwah dan menyebarkan agama Islam di sana, sehingga Raja Samu-Samu dan keluarga berserta sejumlah masyarakat Ambon akhirnya memeluk agama Islam.
Aktivitas dakwah Islam yang dilakukan Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah di Ambon ini juga tidak disukai oleh Belanda, sehingga kemudian Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah dan keluarganya dipindahkan dari Ambon ke Batavia.
Sultan Alaiddin Muhammad Daodsyah meninggal (mangkat) di Batavia pada tanggal 6 Februari 1939 dan dikebumikan di Tempat Pemakaman Umum (TPU) Hutan Kayu, Rawamangun, Jakarta.