Meskipun baunya sangat tidak sedap, namun buah mengkudu yang sudah masak di pohon memiliki banyak manfaat untuk pengobatan. Hal ini karena ada beberapa kandungan zat didalamnya, antara lain morinda diol, morindone, morindin, damnacanthal, metil asetil, asam kapril dan sorandiyiol.