부작용에 대한 사례가 아예 없는 것은 아니지만, 내장칩에 대한 부작용은 반려인들 사이에서 전반적으로 과대평가되어 있다.
또한, 총 391건의 부작용 사례에서 강아지의 건강된 연관된 부작용으로 볼 수 있는 감염, 부종, 암의 경우 45건이다.
0.01%의 부작용을 어떻게 받아들여야 할지에 대한 의견은 분분하다. 극히 낮은 확률이니 동물등록제를 내장칩으로 일원화 해야 한다는 주장도 있는 반면, 0.01%의 확률이라도 조심해야 한다는 의견도 존재한다.
국내 및 해외 수의학계에서는 극소수의 부작용이 있을 수 있지만 안전하다는 쪽으로 의견이 모아지고 있다.
<1996-2009 영국 소동물수의사회 내장칩 관련 부작용 통계>
| 연도 | 2009 | 2008 | 2007 | 2006 | 2005 | 2004 | 2003 | 2002 | 2001 | 2000 | 1999 | 1998 | 1997 | 1996 |
| 인식실패 | 5 | 1 | 2 | 7 | 6 | 1 | 7 | 4 | 1 | 1 | 1 | |||
| 털빠짐 | 1 | |||||||||||||
| 감염 | 1 | 1 | 5 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | |
| 분실 | 3 | 3 | 7 | 6 | 6 | 2 | 3 | 34 | 7 | 1 | ||||
| 위치이동 | 3 | 16 | 16 | 12 | 27 | 33 | 12 | 7 | 9 | 33 | 28 | 24 | 9 | |
| 부종 | 1 | 3 | 8 | 1 | 3 | 2 | 1 | 1 | 2 | 1 | ||||
| 암 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 미확인 | 1 | 1 | 3 | 1 | 2 | |||||||||
| 합계 | 4 | 18 | 29 | 32 | 38 | 50 | 29 | 13 | 21 | 75 | 41 | 29 | 11 | 1 |
내장칩의 위험을 설파하는 주장에서 종종 생쥐 등의 실험동물에 대한 사례가 언급된다. 생쥐 등의 실험동물에서 내장칩에 의한 암 유발률은 적게는 0.7%에서 많게는 10%에 달한다.
가장 높은 암 유발률을 보였던 실험에서는 177마리의 생쥐 중 총 18마리(약 10%)의 생쥐에서 내장칩과 연관된 암이 발병했다. 하지만 이 실험에 사용한 내장칩을 유전이 다른 2,000마리 이상의 생쥐에 4년에 기간 동안 사용하였는데, 해당 생쥐들에서는 내장칩 관련 암이 생기지 않았다.
즉, 앞서 10%의 암 유발률을 보였던 실험 사례는 내장칩이 암을 유발했다기 보다 해당 실험군의 생쥐들이 외부 물질에 의한 암에 취약한 유전적 특성을 지니고 있었다고 해석 할 수 있다.
특히, 일부 실험동물들의 경우 특정 암에 취약하게 설계되어 있을 가능성이 있어, 실험동물들을 통하여 도출된 내장칩 암 유발 수치를 강아지나 고양이를 대상으로 한 내장칩의 암 유발 통계에 인용하는 것은 적절치 않을 것으로 보인다.
경기도의 경우 2년간 내장형 동물등록을 유지할 경우 내장형 동물등록 수수료 1만원과 마이크로칩 비용 1만원을 지원해준다. 단, 해당 지원은 '19년과 '20년 각각 선착순 5만 마리에 대해서만 선착순으로 진행된다.
등록대상동물을 기르는 곳에서 벗어나게 하는 경우 해당 동물의 소유자등은 다음 각 호의 사항을 표시한 인식표를 등록대상동물에 부착하여야 한다.
또한, 인식표 등의 외장형 식별장치를 착용하는 것이 강아지를 잃어버렸을 때 되찾기에 효과적이다. 내장칩만 삽입한 상태에서 유실하였을 때 칩 리더기가 있지 않은 일반인이 강아지를 소유주에게 찾아주기가 어렵기 때문이다.
비마이펫에서 더 보기