Paska konflik, Aceh memiliki keistimewaan baru akibat diterbitkannya UU Nomor 11 Tahun 2006 tentang Pemerintahan Aceh.
Keistimewaan itu, salah satunya terwujud melalui adanya klausul yang mengatur tentang pembentukan lembaga baru dalam struktur Pemerintahan Aceh yang disebut sebagai Lembaga Wali Nanggroe (LWN) Aceh dengan menobatkan Paduka Yang Mulia Malik Mahmud Alhaytar sebagai Wali Nanggroe pertama.
Sejalan dengan pembentukan itu, LWN memperoleh kucuran dana dari APBA yang jumlahnya sangat fantastis. Pejabatnya juga memperoleh fasilitas yang sangat istimewa, mulai dari kendaraan serba mewah hingga istana (meuligo) yang dibangun di kawasan Lampeuneurut, Aceh Besar.