Ninja ... Ninja adalah ... makhluk setengah dewa tanpa ampun, memerintah Jepang dengan karate mereka di zaman ninja ketenangan. Tapi, "beberapa" melakukan bentuk terlarang hara-kiri menyimpan jiwa mereka di Kuil Kinkaku untuk kebangkitan di masa depan. Sejarah mereka yang hilang dipalsukan dan disembunyikan dan kebenaran tentang ninja ini sudah lama terlupakan.
Sekarang, di masa depan di mana universalisasi teknologi cybernetic dan jaringan elektronik adalah Tuhan, tiba-tiba, jiwa ninja yang menyeramkan, dibangkitkan dari ribuan tahun yang lalu dilepaskan pada bayangan gelap Neo-Saitama. Fujikido Kenji, adalah seorang pegawai yang istri dan anaknya tewas dalam perang rumput ninja. Dalam kuas dengan kematiannya sendiri, Fujikido dirasuki oleh jiwa ninja yang misterius. Fujikido menipu kematian dan menjadi Ninja Slayer. Seorang Grim Reaper ditakdirkan untuk membunuh ninja jahat, berkomitmen untuk perang pribadi pembalasan dendam.
Terletak di dunia bawah dystopian Neo-Saitama, Ninja Slayer mengambil ninja Soukai Syndicate dalam pertempuran mematikan.