bedGraph是一种常用的格式,用来某个片段在记录染色体的某个位置的表达水平如何。
目前一般会转换为常见的压缩格式bigwig,但是假期里接了一个与自己没有关系的任务。(悲催,想找一个人,帮我拒绝一切不好的事情的那种)
因为关系到处理数据的细节,所以这里记录一下对这个格式的了解。
首先是官方的说明:
https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bedgraph.html
但是说明中并没有很仔细的解释格式的含义,这里我做了一个测试,现在将格式记录下来。
(我选取了一部分的数据,用这部分的数据来看具体的情况。)
我的困惑在于,每一行,他们的位置在 上一行的末尾 与 下一行的开始 有重叠,究竟属于那一个呢?
bedGraph中,格式说明:
第1列:染色体
第2列:起始位置
第3列:终止位置
第4列:标准化后的表达数值(可+/-,取决于标准化方法,这里使用的是RPKM)
这里截图了几个单独展示的结果。
结论: 每一行,起始位置不包含,终点位置包含。
补充: IGV展示最小尺度与屏幕的大小有关(窗口大小,太小的话,不方便展示),菜单栏全部显示,刚刚好的话,最小尺度为30bp。