Pekmez Höyük Aydın'da Afrodisyas antik kentinin içinde yer almaktadır.
Afrodisyas, Büyük Menderes'in kollarından birinin meydana getirdiği vadide bulunmaktadır.
Pekmez Höyük bu antik kentin içinde iskan görmüş üç höyüktendir.
Diğer höyüklerin adları Kuş Kalesi ve Akropolis'tir.
Tepenin çapı 125 metre, yüksekliği 13 metredir.
Höyükteki araştırmalar 1826 senesinden itibaren yapılmaya başlanmıştır. 1960'lı senelerden itibaren Kenan Erim'in başkanlığında araştırmalar yapılmıştır. 1992 senesinden itibaren R.R. Smith'in başkanlığındaki kazılarda, özellikle Roma Dönemine ait bulgular ele geçmiştir.
Afrodisyas antik kentinin bulunduğu ilk yerleşme Pekmez Tepe olarak da adlandırılan yerde Neolitik Çağ'a aittir. Geç Neolitik Çağ tabakasında, Orta Tunç Çağı, Erken Tunç Çağı, Kalkolitik Çağ ve Geç Kalkolitik Çağ'a ait tabakalara da rastlanmıştır. Kuşkale ve Akropolis'teki en eski iskan Erken Tunç Çağına aittir ve bunu Orta Tunç Çağı Tabakası izler. Demir Çağı ve Geç Tunç Çağına ait yerleşmeler sadece Akropolis'te bulunmaktadır.Bu 3 tepedeki kazılar, ova taban suyu yüzünden ana toprağa kadar devam etmemiştir.
Kazılar neticesinde, romen rakamlarıyla temsil edilen 10 tabaka saptanmıştır. Bu tabakalarda 10. ile 4. tabakalar arası tarih öncesi dönemleri, 3. ve 1. tabakalar arası ise tarih dönemlerini simgeler.