Kerküştü Höyük, Mardin'in batısında, Fırat kolu olan Habur Çayı'na katılan Koca Dere'nin batı kesimindedir. Boyutları 130 metreye 170 metredir. Alttaki tabakaları bugün ova seviyesinin altında kalmıştır.
Höyüğün ilk araştırma kazısını Mardin Müzesi 1981 senesinde gerçekleştirmiştir.
Sonrasında Nusaybin Şanlıurfa yolu genişleyince Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi ve Mardin Müzesi, 2005 ve 2006 senelerinde ortak çalışma yapmıştır.
Yapılan araştırmalarda höyükte Erken ve Orta Kalkolitik Çağ, Roma Dönemi ve Ortaçağa ait tabakalar saptanmıştır.
Halaf yerleşimlerde yaygın görülen tholosa'ya rastlanmamış olsa da, fırınların işçiliği ve bezemeleri ayrıca buluntu çanak ve çömlekler höyüğün Halaf yerleşimi olduğunu belli etmektedir. Araştırmalarda birkaç adet Samarra çanak ve çömleğine rastlanmıştır. Bulunan çömleklerde Orta ve Erken Halaf Seramiği özellikleri görülmektedir.
