《周处除三害》这部电影情节并不复杂。故事讲述了一个名叫榜三的通缉要犯，在得知自己生命即将走到尽头后，决定在死前扬名立万，干掉警方通缉榜上的老大和老二。通缉榜上的老二，香港仔，是一个典型的坏蛋，狡诈且凶残。影片进行不到一半，他就被主角陈桂林清算掉了。
如果排行榜上的老大只是一个更凶残、更厉害的坏蛋的话，那么这部片子也就是一部普普通通的爽片，没有什么深意。然而，接下来的剧情让整部影片得到了升华。
陈桂林追查线索，找到了位于澎湖岛上的一个名为修修会的组织，它类似于一种宗教组织。教主祖尊被尊者们敬为领袖。陈桂林为了找到绑架犯的下落，假意入教，并吃了教徒提供的斋饭。在听尊者布道结束后，他突然当场口吐黑水，昏迷不醒。尊者收留了他，并为他治疗。
这个时候，男主对尊者满怀感激。但他仍不死心，继续向尊者打听头号通缉犯的下落。被告知的是，通缉犯曾来过，但已经死了。死前，他拒绝了尊者的救助，并在大彻大悟后留下了一番启示，这成为了灵修会的起源。而他的坟墓就在社区之内。
在这之后，宗教社区的医生告诉男主，他的肺癌有好转的迹象，这让男主觉得尊者真的能够创造奇迹。于是，他带着心愿已了，决定余生追随尊者。在正式的入教仪式之后，尊者拿出一个木盒，说这是亲手为他制作的。现在要将他与尘世之间所有的羁绊都放进这个盒子里，然后放进焚化炉中烧毁，这样就切断了与前尘往事的所有联系，成为一个纯粹的新人。
已经被尊者的神迹和教义深深吸引的男主，就将自己闯荡黑道多年积攒的一百万和他的奶奶——他唯一的亲人——留下的一块手表，一起放进了木匣中，扔进了焚化炉里。
然而，后来尊者再次行骗，目标是一对单亲母女。她在给孩子的食物中下毒，这个孩子和陈桂林一样，在布道中途突然口吐黑水，昏迷不醒。接着，社区的医生告诉孩子的母亲，孩子得了重病，并拿出了X光片，和当年给陈桂林诊断肺癌的一模一样。
这些巧合让陈桂林觉察出了不对劲。一番调查之后，他找到了尊者的秘室，里面的装潢奢华。看来尊者的生活，并不像他自己所宣称的那样清贫朴素。在一个仓库里，他找到了许多木盒，都是教徒们入教时，将随身财物装入后扔进焚化炉的那种。
陈桂林在这些木盒中发现了当初自己的那个木匣，他奶奶留给他的那块手表，还完好无损地放在里面。到这里，真相已经大白了。尊者就是一个彻头彻尾的骗子，而且是将人骗得倾家荡产，还帮着数钱的那种。
而此时，那位单亲母亲为了拯救孩子的性命，就像刚开始的陈桂林一样，对尊者言听计从，奉献了自己所有的财物，准备入教。知道真相的陈桂林闯入入教仪式，现场揭穿了尊者的真面目，要那位母亲带着孩子赶紧离开，告诉他们这里的人是骗子，帮不了他们。
然而，这时尊者和那些教徒们都露出了凶残的真面目，递给单亲母亲一把刀，要她杀死陈桂林。这位懦弱的普通人知道，此时反抗也没有用，也不想背负血债，于是选择了自我了断。然后尊者又捅了陈桂林一刀，命令手下将两人装入棺材，抬到荒岛上掩埋了。
也许在现实中，这就是冷酷残忍的现实结局。但在电影中，还是要给观众一点希望的。
