Ketika Iskandar Muda memulai pemerintahannya pada tahun 1607, ia segera melakukan serangkaian aksi angkatan laut yang memenangkan baginya kendali efektif atas bagian barat laut kepulauan Indonesia. Kepemimpinannya mencakup semua pelabuhan utama di pantai barat Sumatra dan sebagian besar pantai timur, serta Kedah, Perak (dengan timahnya), dan Pahang di Semenanjung Malaya. Dia serius mengancam posisi Portugis di Melaka, tetapi sebuah aliansi kekuatan yang lebih kecil, termasuk Portugis Melaka, Johor (Johor), dan Patani (sekarang bagian dari Thailand), membangun armada yang menghancurkan Aceh dalam pertempuran laut dekat Melaka pada 1629. The basis ekonomi posisi Aceh adalah perdagangan rempah-rempah, dan konflik ini tumbuh dari upaya Aceh untuk mengkonsolidasikan monopoli atas perdagangan lada.
Pada masa pemerintahan Iskandar Muda para penulis Islam ternama seperti para mistikus Sufi Hamzah Fansuri dan Sjamsuddin dari Pasai, serta musuh mereka Nūr ud-Dīn ibn Ali al-Rānīri, menjadikan Aceh pusat penting dari beasiswa. Selain itu, sistem hukum dan administrasi Iskandar Muda berfungsi sebagai model bagi negara-negara Islam lainnya di nusantara. Setelah kematian Sultan, bagaimanapun, kekayaan Aceh menurun dengan kekalahan militer yang diderita pada 1629, kehadiran Belanda yang semakin agresif di daerah itu, terutama setelah penangkapan mereka di Melaka pada 1641, dan kegagalan Aceh untuk menghasilkan pemimpin lain yang luar biasa.
