stanbul Deniz Müzesi, Türkiye'deki en büyük denizcilik müzesi olup, ayrıca içerdiği eser çeşitliliği sebebiyle dünyadaki sayılı müzelerdendir. Koleksiyonda aşağı yukarı 20 bin eser bulunur. Türkiye'de kurulmuş ilk askeri müze olan Istanbul Deniz Müzesi, Deniz Kuvvetleri Komutanlığına bağlıdır.
Müzenin açılışı 1897 senesinde Nazır Hüsnü Paşa'nın isteği, Albay Hikmet Bey ve Yüzbaşı Süleyman Bey'in çabalarıyla, Müze ve Kütüphane İdaresi adıyla olmuştur.
İlk olarak düzenlemesi yapılamamış ve müze deposu olarak ziyarete açılmıştır. 1914 senesinde Nazır Cemal Paşa, müze alanında da reform yaparak, bilimsel şekilde yeniden düzenlemiştir. Deniz Yüzbaşı Ali Sami Boyar'ın müdürlüğünü yaptığı sergiye, yüzbaşı ayrıca gemi model atölyesi yaptırmıştır.
Dünya Savaşı başlayınca, eserlerin korunması için, bu eserler Anadolu'ya gönderilmiştir. Savaş sonrasında 1946 senesinde müze tekrar İstanbul'a taşınmış ve Dolmabahçe Cami Külliyesinde olmasına karar verilmiştir. İki yıllık restorasyondan sonra 1948 senesinde hizmete açılmıştır. 1961 senesinde müze bugünkü yerine nakledilmiştir.
Müze, 3 katlı ana sergi binasına sahiptir, toplam 1500 metrekare alana kurulmuştur. Binadaki dört salon ve onyedi oda sergileme amaçlı kullanılmaktadır. Her salonun adı rüzgar isimlerinden gelmektedir. Müzenin içinde denizci asker kıyafeti, el yazması, gemi modeli, sancak, harita, tuğra, arma, silah sergilenir. Giriş bölümü ise çocuklar için oyun alanıdır.
Müze, restorasyonunun tamamlanmasından sonra 2013 senesinde faaliyetlerine tekrar başlamıştır.