Ende 2004 gab ein schwedischer Zollbeamter gegenüber den Massenmedien zu Protokoll, dass vor dem Untergang Militärelektronik und Waffenteile aus dem russischen Raum auf die Estonia gebracht worden seien und diese Transporte nicht kontrolliert werden durften
Anfangs wollte die schwedische Regierung die gesamte Fundstelle des Wracks mit allen Wrackteilen in einen Beton-Sarkophag einschließen lassen, was jegliche weitere Untersuchung beinahe unmöglich gemacht hätte. Das Wrack, so der Plan, sollte für alle Ewigkeit unter einer massiven Betondecke verschwinden. Offizielle Begründung: Niemand dürfe die Totenruhe stören.