Que genial post, me encanta cuando las personas como tu investigan las causas de enfermedades o causas de problemas en las plantas.
Sabes que estas en lo correcto las flores mueren al no auto polinizarse, el periodo de polinización de ellas es de 72h máximo y al no ser fecundadas pues lo usual es que se marchiten.

Cuando se fecundan notaras un cambio de un color amarillo intenso a un amarillo un poco mas opaco, y aunque si bien es cierto que no necesitan de las abejas u otros insectos polinizadores pues añadirlos puede que mas tomates se cuajen. Un tip que te podría dar si no cuentas con abejas cerca, es colocarlas en un lugar donde el viento fuerte les de, ya que el viento también es un agente abiótico polinizador, el movimiento hace que los granos de polen se desprendan y viajen.
O como tu dices polinizarlas manualmente, fue una muy buena idea de verdad.

Trata de quitarle los chupones o hijos que salen, solo deja 2 guias principales y veras como tus tomates cherry son los mas grandes que puedas ver.
Saludos