南京古城，龙盘虎踞，帝国心脏的气势，想要细致缜密描述这般景象，须由紫金山开始。
南京的大部分古遗迹像长江水一般，付之东流，无影无踪，然而紫金山的存在，奇迹般地挽留了很多老南京记忆，它如同南京一面照见过去的镜子，映记着中国历史转动的关键时刻。
在一个冬日黄昏，参拜庄严肃穆的灵谷寺，站在九重灵谷塔之巅，沐浴着暖阳山风，回忆一段三位和尚的故事。
宝志和尚
灵谷寺本坐落于紫金山第三峰天堡山独龙阜，最初为南朝时宝志和尚的墓地。梁天监十三年（公元515年）冬，宝志和尚圆寂并葬于此，梁武帝为纪念这位高僧建开善精舍，这就是最初的灵谷寺。
公元418年，宝志和尚降生在句容县东阳镇（今属南京市栖霞区）一朱姓人家，7岁在南京道林寺法俭和尚座下出家。传说宝志和尚在禅定中得到神通，预见了“宋、齐、梁、陈”四朝的更迭。他居止无定，饮食无时，经常光着脚，手执一锡杖，杖头挂剪刀和镜子。
梁武帝在即位之初，采用严刑峻法来治理国政。宝志和尚运用神通，让梁武帝亲眼见到先王在地狱受苦的怵目惊心惨状，并告诉他，钟声可使地狱众生暂免受苦。于是梁武帝废除锥刀之刑，下诏天下寺院为亡魂击钟。这一习俗从此延续了下来。
宝志和尚心志通达，引导梁武帝皈依佛门，潜心修行，归仁向善，普渡众生，在那个时代被尊为“帝师”。宝志禅师圆寂后，留下许多赞颂诗偈，收在《景德传灯录》卷二十九，最能表达这位神异禅师洒脱自在的性情。灵谷寺至今还存留着宝公塔，塔前矗立三绝碑，上有吴道子的画和颜真卿的书法，李白诗称他“独行绝侣”！
时光荏苒，岁月流转，800多年后，明太祖朱元璋在兵荒马乱的年代出生。和宝志和尚不一样的是，太祖入佛门是迫于生计，他17岁在濠州（今凤阳）於皇寺出家。
公元1344年，濠州发生瘟疫，太祖的父母、长兄在十七天里相继染病而亡。邻居汪母怜悯太祖，于是让其子备礼，送他到於皇寺为僧，然而太祖在寺庙仅做了五十天和尚。
同年，太祖离开於皇寺，在外云游漂泊。直到他日薄西山垂暮之年，在《大明皇陵碑文》中这样生动地回忆了自己这段坎坷：“突朝烟而急进，暮投古寺以趋跄。仰穹崖崔嵬而倚碧，听猿啼夜月而凄凉。魂悠而觅父母无有，志落魄而倘徉。西风鹤唳，俄淅沥以飞霜。身如蓬而不止，心滚滚而乎沸汤……”
明洪武十四年（1381年），坐上大明皇帝宝座的朱元璋听从风水大臣刘伯温的建议，选孝陵墓址，相中独龙阜这块风水宝地，于是降旨迁寺。灵谷寺于洪武十五年完工，朱元璋敕封“灵谷禅寺”，山门亲书“第一禅林”。
有皇帝的大布施，灵谷寺的地位更显赫，初建的规模宏大，殿宇林立，在上元、江宁、句容、六合等地拥有大面积庙产，明朝皇帝还把栖霞寺、方山的定林寺等12座寺院划归灵谷寺管，至此灵谷寺成为应天府三大寺院之首（大报恩寺、天界寺）。
永乐五年（1407年）春，灵谷寺修建水陆普度大斋胜会，为太祖、太后举行荐扬盛典，同时为在“靖难”战役中死亡的将士及天下亡故军民超度。中官侯显、僧智光专程入藏诏迎乌斯藏（今西藏）高僧哈立麻（得银协巴：藏传佛教噶玛噶举派五世活佛），前来南京灵谷寺主法。后永乐皇帝又将内廷画工所绘《灵谷寺普度大斋瑞相图》长卷图轴，赐予得银协巴，带回西藏，至今保存完好。
玄奘和尚
从仁王殿进入，绕过大雄宝殿，来到灵谷寺内最深处的经堂，抬头看见“玄奘院”的匾额，内供奉玄奘法师的铜像和舍利。
灵谷寺缘起宝志和尚，应该安放宝志和尚的佛舍利才对，可是为何又跟玄奘法师有关了呢？
众所周知，玄奘法师生于四川，求法于洛阳、印度，在长安大慈恩寺译经，玉华宫迁化，舍利供奉在兴教寺，平生经历和南京灵谷寺没有丝毫瓜葛......然而这就是大师法脉神奇的地方！这段法缘要从千年前说起。
唐僖宗广明元年（公元880），黄巢起义军攻陷长安，兴教寺被毁，玄奘遗骸被寺僧护携至终南山紫阁寺安葬，上建五重塔。
过了百年，改朝换代，到了宋太祖端拱元年，金陵天禧寺（大报恩寺）住持演化大师可政，朝圣来到终南山紫阁寺，当时的长安已经颓废败落，他所见到的紫阁寺佛塔也长满了荒草，即将倾倒。可政在这里发现了玄奘法师顶骨舍利，他亲自背负舍利，迎请到金陵天禧寺供奉。
又过了近千年，日军攻破南京城，1942年11月，侵华日军高森部队，在大报恩寺遗址三藏殿后小山岗发掘到装有玄奘法师顶骨舍利的石函。
根据《中报》所载顾蔗园的《奉迎玄奘法师佛骨记》描述：“鸡鸣寺文物保管会派了一位白贤居士代表南京佛教界，武官张垣代表汪伪政府，用专机护顶骨舍利去北京。到了北京，由沪、宁、杭的僧俗以及日本佛教徒三千多人在故宫举行了奉迎仪式，后顶骨舍利安放在中南海供各界人土参拜”。
这时又由日本佛教界提出，玄奘法师为佛教东渐史上的重要人物，其顶骨应为中日佛教界共同供奉。结果是，日佛教联合会从白贤居士手中获取了一部分顶骨。
保存在鸡鸣寺汪伪中央文物保管委员会的一部份玄奘法师顶骨舍利，1954年由南京佛教界映彻法师向文管会商妥，将顶骨舍利迎请到毗卢寺供奉。1963年为举行玄奘法师圆寂1300年法会，又将顶骨舍利奉迎到栖霞寺。1966年“文革”开始，南京市佛协将玄奘法师顶骨舍利送交市文管会保存……
1973年，新中国成立，中日关系缓和，灵谷寺在全国最早修复开放，为了接待日本佛教界友人大谷莹润长老，经周总理特批，将玄奘法师顶骨舍利从南京博物院请出，供奉玄奘院灵谷典藏地宫……就是这样，经过了1300多年的变迁，南京市灵谷寺与玄奘法师顶骨舍利结下了殊胜因缘。
