Soweit ich das verstanden habe, kann man sich aussuchen, ob man bei einem Elektro-Auto das E an der letzten Stelle auf dem Kennzeichen haben möchte oder nicht. Die KFZ-Steuer hat damit nichts zu tun.
Das E auf dem Kennzeichen zeigt eigentlich nur an, dass man auf besonders gekennzeichneten E-Auto-Parkplätzen stehen darf - zum Beispiel an Ladesäulen. Wem man das nicht braucht, weil man beispielsweise nur zu Hause lädt, kann man auf das E also auch verzichten.