Per quanto la possibilità che il virus sia accidentalmente fuoriuscito da qualche laboratorio sia, tutto sommato, concreta, esistono ad oggi diversi studi che, invece, indicano il contrario. Prima di tutto, normalmente la prima cosa che si fa in laboratorio quando arriva un nuovo virus è sequenziarne il genoma... Quindi, se il SARS-CoV-2 fosse effettivamente passato da un laboratorio probabilmente avrebbe lasciato qualche traccia. Questo però può essere soggetto a insabbiamenti di diverso tipo, quindi posso accettare che non tutti siano d'accordo nel considerarla una prova così forte.
Tuttavia, esistono prove molto più concrete. Il virus osservato è molto simile (quasi identico) a un particoalre coronavirus presente nei pipistrelli; mostra però alcune importanti mutazioni, che portano con sé la firma di un altro animale, probabilmente un pangolino. Se queste mutazioni fossero state introdotte in laboratorio avrebbero lasciato dei segni inequivocabili: le sequenze di genoma introdotte artificialmente, infatti, sono localizzate in punti specifici del genoma ospite, poiché i meccanismi che operano il "copia e incolla" riescono ad agire solo in determinati punti ricorrenti. Le mutazioni osservate, invece, sono distribuite in modo casuale all'interno del genoma, e questo indica un processo naturale e randomico. Questi processi, per collegare quindi il discorso fin qui fatto all'ipotesi avanzata, avvengono in natura, in modo casuale, e richiedono del tempo. Vista la promiscuità di animali provenienti da zone diverse del mondo all'interno di un unico mercato, è estremamente probabile che dei patogeni incontrino organismi nuovi che non hanno difese adatte, riuscendo a svilupparsi in modo anomalo. Il pangolino, nello specifico, è un animale per lo più africano, ed è lecito pensare che non avesse mai incotrato prima il coronavirus di pipistrello...
Si tratta ovviamente di calcoli probabilistici, e come tali non necessariamente esatti. Ma la probabilità di un evento del tutto naturale è molto molto alta. Sono esistite altre epidemie del genere nella storia, e il meccanismo è sempre stato questo.

Per quanto riguarda il discorso sui vaccini, credo tu non abbia capito a fondo quanto descritto nella pubblicazione, o più semplicemente ti sia dimenticato di un passaggio fondamentale.

Receipt of influenza vaccination was not associated with virus interference among our population. Examining virus interference by specific respiratory viruses showed mixed results. Vaccine derived virus interference was significantly associated with coronavirus and human metapneumovirus; however, significant protection with vaccination was associated not only with most influenza viruses, but also parainfluenza, RSV, and non-influenza virus coinfections.
La ricezione della vaccinazione antinfluenzale non è stata associata all'interferenza virale nella popolazione campione. L'analisi dell'interferenza virale da parte di specifici virus respiratori ha mostrato risultati contrastanti. L'interferenza del virus derivato dal vaccino era significativamente associata al coronavirus e al metapneumovirus umano; tuttavia, una protezione significativa con la vaccinazione è stata associata non solo alla maggior parte dei virus influenzali, ma anche alle coinfezioni da parainfluenza, RSV e virus non influenzali.

Iniziamo col dire che il coronavirus considerato nel lavoro NON è il SARS-CoV-2 (mi sembra un dato decisamente importante da citare), ma si parla di coronavirus aspecifici con cui conviviamo normalmente (quelli del raffreddore, per intenderci). Secondo la ricerca, il vaccino influenzale crea una sorta di interferenza virale per cui patogeni come il coronavirus, non impattati direttamente dalla vaccinazione, trovano campo libero da altri "rivali" e riescono a diffondere maggiormente. Questo è più che lecito. La ricerca, però, considera la sola presenza del patogeno nel paziente, e non affronta in nessun modo le condizioni cliniche. Mi spiego meglio, la presenza di una determinata carica virale, non si traduce necessariamente nella comparsa della malattia... La presenza di un coronavirus, non si traduce sempre in un raffreddore... La presenza del SARS-CoV-2, non si traduce sempre in COVID-19.
Questo sarebbe invece il dato interessante, che però qui manca.

Infine (e potete verificare le mie parole tra i lavori della dottoressa Ilaria Capua), i quadri clinici più complicati sono legati alla presenza di più patologie che insistono contemporaneamente sui pazienti. La vaccinazione anti-influenzale, per quanto anche a rigor di logica possa facilitare l'insediamento di altri virus omologhi (tra cui il SARS-CoV-2), preserva i pazienti dalla possibilità di sviluppare patologie multiple contemporaneamente, e quindi di rischiare la vita. La COVID-19 da sola, infatti, è meno pericolosa che se sommata ad altre infezioni, soprattutto se di tipo respiratorio come l'influenza.

L'articolo esaminato, quindi, non rappresenta un elemento utile in questa discussione, in quanto considera la sola presenza del virus nei pazienti, e non l'insorgenza di un quadro clinico.
Ma l'insorgenza di situazioni cliniche complesse, attualmente, è l'unico dato di cui davvero disponiamo, poiché i tamponi vengono fatti solo e solamente a chi manifesta sintomi acuti. Mancano quindi completamente i dati sui reali contagiati, soprattutto considerando che il tasso di asintomatici potrebbe attestarsi attorno a valori dell'80%.