Kratos sigue a las órdenes de los dioses, realizando misiones sobrehumanas y enfrentándose a seres mitológicos como la Hidra, por petición de Poseidón. Los dioses le prometen liberarle de sus pesadillas, pero Kratos empieza a cansarse después de una década de leal servicio sin recibir el perdón. Atenea, que es su contacto más fiable con el Olimpo, le ordena como última misión matar a Ares, que está destruyendo Atenas, y ningún otro dios puede enfrentarse a él por orden de Zeus. La tarea parece inalcanzable para un mortal pero su ansia de venganza personal le hará aceptar el encargo.
Kratos se dirige al oráculo de Atenas para pedir consejo. La respuesta: obtener la caja de Pandora, la única forma de conseguir el poder necesario para matar a un Dios. Con un nuevo objetivo, el espartano se dirige al templo que lo guarda, situado en la espalda del titán Cronos, que vaga en el desierto de las almas perdidas. Tras superar peligros como la presencia de sirenas, consigue atraer a Cronos a una posición cercana a un risco haciendo sonar un cuerno. Desde una posición elevada, Kratos salta a su costado y tras escalar tres días, llega hasta las puertas del Templo de Pandora.Este templo es una enorme trampa letal y Kratos no ha sido precisamente el primero en intentar alcanzar la caja. Conocerá al primero de los que fallaron en su empeño, ahora convertido en un quemador de cuerpos de aquellos que mueren en la misión. Advertirá a Kratos del peligro, pero naturalmente, el espartano se adentra en el templo convencido de obtener el arma. Se trata de una porción de la historia que lleva tiempo completar debido a los ingenios que su arquitecto, Pathos Verdes III, ha creado sirviendo a los dioses. Durante su construcción, Pathos acabó loco –sus hijos murieron, mató a su mujer y acabó suicidándose-, locura que se refleja en el diseño del templo a medida que avanzamos.
Kratos conseguirá finalmente lo que nadie había logrado: llegar a la caja de Pandora. Pero Ares, que en ese momento se encuentra pisoteando Atenas, se percata de ello y lanza una columna que atraviesa los cielos y con gran puntería alcanza al espartano, que queda ensartado. Kratos muere y va al inframundo, donde se encontrará con algunos personajes que había conocido anteriormente –un hombre que murió tragado por una Hidra-, pero ¿desde cuándo la muerte ha sido un obstáculo para el Fantasma de Esparta? El inframundo es un lugar desolador, con mares rojos y trampas en forma de cilindros con cuchillas. No sin problemas y muchos combates, el Fantasma de Esparta conseguirá salir de este lugar por la tumba que un misterioso ermitaño estaba cavando.Kratos se dirige al templo del oráculo para enfrentarse de una vez por todas con el mismísimo Dios de la Guerra. Ares está hablando con Zeus y el espartano consigue lanzar un rayo que hace que la caja de Pandora caiga. Por fin puede abrirla y con ello Kratos aumenta su tamaño hasta igualarse a Ares. Tras una batalla que incluye visiones de su familia y dobles de Kratos, Ares consigue desarmar al héroe y arrinconarlo, pero un instante antes de morir, Kratos esquiva el golpe y utiliza una espada enorme que se utilizaba como puente para continuar la lucha y definitivamente matar al Dios. Ares nos recuerda que su intención era conseguir el guerrero perfecto, a lo que Kratos contesta que lo ha conseguido.
Kratos cumple su venganza y pide a Atenea que sus pesadillas sean borradas, tal y como se le prometió. Pero los dioses lloran por su hermano y, aunque ha cumplido con su misión, no se pueden olvidar los crímenes cometidos. Atemorizado por pasar el resto de su vida con la visión del asesinato de su familia, Kratos decide lanzarse por un precipicio con una de las frases más conocidas de toda la saga: "Los dioses del Olimpo me han abandonado, ahora ya no hay ninguna esperanza". Esta era la escena de inicio del juego, ya que el resto se cuenta mediante un flashback y no es hasta la secuencia final cuando descubrimos cómo termina.Para sorpresa de Kratos, cae al agua pero no muere. Es salvado por Atenea, que le asegura que no es el momento de su muerte, y que al igual que sus crímenes no se olvidan, tampoco sus logros, como el de matar a un Dios. Además, queda una vacante en el Olimpo: la de Dios de la Guerra. Y nadie mejor que Kratos en toda Grecia para ese puesto.
