Als ehemaliger owncloud-Entwickler kann ich da auch Lieder von singen.
Früher (version 6 und 7) war die nginx Unterstützung ein schlimmer hack, den man sich selber zusammenbasteln musste.
Inzwischen ist es aber einiges besser – es gibt offizielle Konfigurationsdateien, owncloud schreit nicht rum, wenn die .htaccess nicht funktioniert, etc.