Ang diyosesis ng Paderborn ay itinatag sa paligid ng 800. Ang diyosesis sa simula ay pagmamay-ari ng lalawigan ng Mainz ng simbahan.
Nagtagumpay si Obispo Meinwerk (1009-1036) sa pagkuha ng halos lahat ng mga karapatan sa libing sa loob ng diyosesis. Ang karagdagang pagpapalawak ay ginawa imposible sa pamamagitan ng Dukes ng Brunswijk at ang Electors ng Cologne. Noong ika-14 na siglo, ang mga bahagi ng mga county ng Everstein at Schwalenberg ay nakuha, at higit pa sa kaluwalhatian ni B眉ren.
Ipinakilala ng Obispo Erik van Brunswijk-Grubenhagen (1508-1532) ang Repormasyon, ngunit ang lumang doktrina ay naibalik sa panahon ng Counter-Repormasyon mula 1601 hanggang 1604. Ang principality ng Diocese ay nawala ang county ng Ravensberg at lahat ng mga lugar sa kanang bangko ng Weser sa panahong ito.
Sa Reichsdeputationshauptschluss ng Pebrero 25, 1803, ang prinsipe diyosesis ay iginawad sa hari ng Prussia sa artikulong 3. Pagkatapos ay tinawag niya ang kanyang sarili na Prinsipe ng Paderborn. Matapos ang pagkatalo ng Prussian ng 1806 at 1807, sa Kapayapaan ng Tilsit, dapat ibalik ng Prussia ang lahat ng ari-arian sa kanluran ng Elbe. Si Paderborn ay naging bahagi ng kaharian ng Westphalia noong 1807. Pagkatapos ng Napoleonic defeats ng 1812 at 1813, ang lumang estado ay naibalik sa pamamagitan ng Kongreso ng Vienna noong 1815.