Ayon sa tradisyon, ang kumbento ay itinatag noong 764. Si Charlemagne at ang kanyang asawang si Hildegard ay binabanggit bilang mga tagapagtaguyod. Si Emperor Otto ay exempted ko ang monasteryo mula sa mga singil ng gobyerno. Ang simbahan ay itinayo sa ilalim ng abbot Adihelm (1082-1094). Mula noong abbot si Rupert (1102-1145), ang mga di-marangal ay pinapapasok din sa monasteryo. Mula noong abbot Koenraad (1296-1312) ang mga abbots ay mga pinuno noong 1299. Sa 1356 ang pag-iingat ng kumbento ay dumating sa principality ng Augsburg.
Noong 1626, tinanggihan ng prinsipalidad ng Augsburg ang mga paghahabol nito pagkatapos ng isang paghatol mula sa Reich Chamber noong 1624. Si Abbot Rupert Ne脽 (1710-1740) ay naglagay ng tiyak na katapusan sa pakikibaka sa Augsburg sa pamamagitan ng pagpapalabas ng kumbento mula sa pag-iingat ng obispo. Ang kumbento ay nagbahagi sa mga kaluwalhatian ng Stein, Ronsberg at Erkheim
Ang abbot ay walang upuan sa Swabian prelate bench ng Reichstag, ni wala siyang upuan sa Swabian Kreits.
Ang talata 2 ng Reichsdeputationshauptschluss ng Pebrero 25, 1803 ay nagbigay ng pamunuan ng abbey sa elektoral ng halalan ng Bavaria.
Ang abbey ay buwag sa sekularisasyon ng 1802. Tanging 18 sa orihinal na 48 monghe ang pinayagan upang manatili sa Ottobeuren. Noong 1835 ang monasteryo ay itinatag bilang isang priory ng Augburg St. Stephen's Abbey. Pagkatapos nito ay muling itinatag bilang isang ganap na kumbento noong 1918.
Mula Enero 1945 hanggang sa katapusan ng Ikalawang Digmaang Pandaigdig, nanatili si Georg Schreiber sa Ottobeuren.
sa pagitan ng 1946 at 1975 ang monasteryo ay nag-aalok ng isang Progymnasium (5 hanggang 10. taong gulang) kasama ang isang youth boarding school, ang Collegium Rupertinum.