为什么要统计光谱数目spectral counts,因为在后续的 SAINTexpres 中,需要使用这个数值,为了找到这个数值,花了挺长时间的(因为找不到资料TAT)。这里记录一下。
在maxQuant 之后得到的文件combind中有一个evidence.txt的文件。
第一个框是,prey蛋白的名字以及对应的基因名字,
第二个框,是对应的实验名字,可以换成 BaitA-1,BaitA-2,BaitA-3,BaitB-1,BaitB-2,BaitB-3。。。诸如此类。
注意,这里统计光谱的数目,具体是,某一个expreiment下,对应的同一prey蛋白,在MS/MS count这类的累加和。
找到了maxquant数据中统计光谱的结果之后,就可以顺利的进行下一步,计算SAINT score与MIST score进行下一步了。
明天继续,今天早点休息,明天还要开组会。