今天记录与一位同学的问答,正好最近使用的比较多。
cytoscape是一款做网络可视化的软件,应该算是最经典,也是最强大的了。
Q:
之前你说网络可视化,正好我想请教一下,如果我有sif、node和edge三种文件,我在cytoscape里面怎么进行注释啊?就是先把sif网络载入后,我想根据node的不同类型上不同的颜色,然后根据edge文件中的 interaction type在网络的edge上展示出方向,比如就像这三个文件
A:
1.根据node的不同类型上不同的颜色
1.1 在导入SIF之后,加入点的信息(import table from File),导入的时候选择加入到现有的网络中。然后,在你的文件中就会有点的信息。
1.2 在左边的列表处,点击node的列表,选择fill color, column选择你导入点的类型,mapping type选择你要配置的颜色。
2.根据edge文件中的 interaction type在网络的edge上,展示出方向
2.1 同1.1一样,导入你的edge信息到已有的网络中。
2.2 在左边的edge中,选择target arrow shape,按照需求,选择你要的箭头类型