Saludos. En tu vps en Linux podrías empezar por instalar un servidor web en este caso te recomiendo Nginx seguido puedes instalar node.js , también tendrías que configurar el servidor y firewall entre otras cosas. En un futuro creare un post explicando cómo configurar tu servidor en Linux de digital Océan como proveedor.
RE: Tutorial - Aprende a subir tu aplicacion de Node.js a Heroku (Hosting gratuito)