Invece è l'ipotesi più accreditata, vedi ad esempio qui dove dice:

Le possibili spiegazioni delle maggiori difese di cui sembrano godere i bambini sono diverse: da una migliore salute dei polmoni alla vicinanza con le vaccinazioni, aspetto che potrebbe rendere più efficiente la risposta immunitaria in caso di contagio.

Se la vaccinazione anti-influenzale potrebbe essere un fattore negativo qualcuna delle vaccinazioni fatte ai neonati potrebbero anche essere un fattore positivo, perché no?