Tu as fait un sudo su pour te mettre en root sur le raspberry? Pour les ssl en général un sudo seul ne suffit pas pour les droits d'accès aux répertoire, il faut vraiment être sous le user root sinon pour ton certif tu as regardé du coté de Let's encrypt https://letsencrypt.org/ qui a en général des scripts automatiques pour gérer tes certifs ssl (je maitrise pas trop ta config en joomla alors a prendre avec des pincettes)