Durant son mandat présidentiel, il combat les trafiquants de drogue colombiens et c'est sous sa législature que le baron du cartel de Medellin, Pablo Escobar, est éliminé. La vigueur et la sincérité de ce combat sont cependant contestés. La reddition de Pablo Escobar avait été négociée avec les autorités, et le célèbre trafiquant de drogue ne consent à se livrer qu'après avoir obtenu une promesse de non-extradition. Il s'installe dans une luxueuse « prison » qu'il a lui-même fait construire, où il s’entoure de son état-major et continue de diriger le narcotrafic. Par ailleurs, bien que la garde de sa prison soit assurée par la police colombienne, Escobar continue d'y recevoir des cadres du Cartel et y fait également introduire des hommes suspectés de trahison qu'il fait torturer à mort. Quand ces agissements furent connus de l'opinion publique, le gouvernement décida de transférer le prisonnier non sans l'en avoir averti préalablement ce qui l'incita à s'enfuir1.
En dépit d'une croissance économique stable, des investissements étrangers, et de la capacité de l’État colombien à payer régulièrement les intérêts de sa dette, 45 % des Colombiens vivent en dessous du seuil de pauvreté (particulièrement dans les campagnes) et de quasi-bidonvilles s'étendent autour des grandes villes. Crées par les narco-trafiquants et soutenus par l’armée (le président Gaviria déclare voir en eux une « solution possible »), des groupes paramilitaires, parfois appelés « autodéfenses » par certains médias, sont chargés de lutter contre les guérilleros. Dans les villes, ces groupes mènent des missions de nettoyage social contre les « improductifs » et « déchets ». Clochards, marginaux, enfants des rues et homosexuels sont assassinés par ces groupes. La corruption se développe : de nombreux juges, plusieurs sénateurs, des prêtres, et jusqu’au directeur de la police nationale ont été convaincus de liens avec les trafiquants2.
De 1994 à 2004, il est secrétaire général de l'Organisation des États américains. César Gaviria est membre honoraire du Club de Rome3.
