2편의 시작은 군인 같은 사람들에게 구해진 아이들은 어떤 시설로 이동하게 되는데요그곳에서 간단한 체크와 안심하라는 말과 함게 잘곳과 먹을곳을 제공해 줍니다.그시설에는 이미 다른 미로에서 탈출 아이들이 모여 있는데요 토마스 일행역시도 이곳에서 생활을 시작하게됩니다.
그리고 그곳에서 이시설에 가장 오랜 머물고 있다는 아리스 라는 친구 나오게 되는데요토마스 일행들은 식사는하는 도중에 갑자히 호명되는 아이들의 모습들 보이게 되죠그들은 기대에찬 얼굴을 하고 있으며 다들 멀고 좋은곳으로 이동 해 가는줄 알고 부러워 합니다. 그리고 밤이되자 아리는 토마스에게 자신의 비밀 통로 인 환풍구
따라 오라고 하고 그곳에서 토마스 는 충격적인 사실을 발견하게 됩니다.거기서 토마스 는 아이들이 죽은것도 아닌 산것도 아닌 기구에 매달려 피를 뽑히는 모습을 목격 하게 되는데요 토마스 일핼을 뒤이어따라 들어온 잭슨과 영상 너머의 아비 페이지의 대화 엿듣게 됩니다.
그곳은 자신들을 실험하기 위해 잡어두었는다는 사실 깨닫게 되는 순간이죠토마스는 동료들에게 이사실을 알리고 탈출을 시도하게되는데요
정체는 알수없지만 면역력있는 아이들을 찾는다는 오른팔 조직을 찾아 떠나게 됩니다.숲을 헤메이다 발견한 불빛이 오른팔 조직일거라 생각하고 들어갔지만
그곳은 호르혜 와 브렌다 가 이끄는 조직이었습니다.호르혜는 토마스 일행들이 위키드 자산임을 알고 위키드 조직과 거래를위해 쓸려는
목적을 가지게 됩니다. 하지만 토마스일행이 바이러스 면연력을 가졌다는 사실을 알게되고 위키드 보다 오른팔조직에 넘기는 편이 더이득이라고 판단하여 토마스 일행을 돕기로 합니다
토마스 와 브랜다는 일행과 합류하기 위해 이동하던 도중에 바이러스 에 감염된 크랭크부터공격받고 브랜다는 다리를 물려 감염 하게 되는데요우여곡절 끝에 오른팔 조직에 합류하게 되지만 브랜다 상태는 점점 악화 되고 맙니다.
이떄 과거 위키드 소속이었던 연구원을 만나게 되고 그의 도움으로 토마스 피를 사용해 치료제 을 만들어 브랜다에게 주사하는데요 신기하게도 브랜다는 빠르게 호전 되는 모습을 보이게 됩니다. 또다시 갑작스런 위키드의 급습 알고보니 트리사가 일행을 배신하고 위키드에
오른팔 조직의 위치를 신고했던 것 입니다. 플레어로 인해 엄마를 잃은 트리사는 다른 의미에서의 인류를 구원하기 위한 선택이었다고 토마스에게 말하며, 그들의 배신을 정당화해 합니다.위키드에게 모두 잡혀갈 위기의 순간호르헤와 브렌다의 도움으로 일부 토마스 일행은
탈출에 성공하지만, 러너들의 리더인 민호가 잡혀가게 됩니다.마지막 장면은 민호를 구하러 가겠다는 토마스. 오른팔 조직의 리더인 빈스가 계획은 무엇이지? 동참하겠다 라고 말하며 메이지러너 2편이 끝나게 됩니다.