메이즈너러 1 시작은 주인공인 토마스는 기억을 잃은채 사방이 벽으로 막혀있는 곳에서 시작됩니다.그리고 눈을 떴을때는 많은 아이들의 시선을 받게 되면서 꺠어나게되는데,그곳에는 이미 예전부터생활 하고있던 아이들이 살고있었습니다. 한달에 한번식 신참과, 생활 할수있는 물건이 배송이 됩니다.그는 아무 기억도 하지못하고 극심한 불안감에 도망 치게되고 넘어지는 동시에 눈앞에 큰장벽에 있다는 걸 인지하게 되죠,그리고 거기 있는 모든이들은 기억을 잃은채 이름정도만 기업합니다.
이곳은 매일 같은시간에 큰장벽이 열리고 닫히고 러너 불리는 아이들이 벽 너머에 있는 미로에 출구를 파악하고 문이 닫기전에 나오고 합니다.그 중에서 가장 강한 사람인 "민호"와 러너들은 벽의 문이 열리면 밖으로 나가는 출구를 찾기위해 3년째 벽 밖의 미로를 헤메이고 있었습니다.
하지만 장벽의 문이 닫히전에 꼭 나와야되는 이유가있는데요 그건 그리버 라는 괴물이 살고있기 때문입니다.
만약 그리버 괴물에 찔리거나 감염당하면 난폭해지면서 결국 죽게됩니다.
그리고 또 한달후 새로운 배송과 함게 신참 오게됩니다. 하지만 유래가 없는 여자가 오게되고 손에는 마지막 신참이라는 쪽지가 오게됩니다. 그녀의 이름은 트리사. 토마스가 글레이드에 온 이후 꿈속에서 계속 보았던 의문의 여성입니다.
그러던 어느날 러너인 민호와 알비가 벽의 문이 닫힐 시간안에 돌아오지 못하게되는데요 벽 근처까지 왔지만 벽이 닫히기 전에 마을로 돌아오기 어려워 보이는 그들은 이 때 토마스가 그들을 구하기 위해 벽 바깥으로 달려들어가게되고 결국 그 둘과 함께 벽 밖에 갇하게 됩니다. 앞에서 언급했듯이 장벽안에서 살아남은 자는 한명도 없기에 다들 죽었다고 생각하게됩니다. 하지만 민호와토마스는 힘을 함쳐 그리버라는 괴물이 죽이게 되고 거기서 탈출의 단서을 구하게됩니다. 그리버에 감영되어 죽어가던 알비는 의문의 여성 트리사에게 자신이 올라올 때주머니에 WCKD라는 백신이 들어있었던 사실을 알게되고 이 백신이 그리버의 치료약이라는 걸 알게 됩니다. 트리사에게 백신으로 치료 받은 알비는 치료와 동시에 잃어버린 기억까지 찾괴 되는데요
토마스와 트리사가 자신들 이곳에 가둔 위키드라는 조직의 연구원 이라는 사실을 기억하게 됩니다. 여기온 아이들은 전세계에 퍼진 뇌를 갉아 먹고 난폭지는 죽음에 이르게하는 플레버 바이러스 때문에 그바이러스 에 맞설 내성을 가진 아이들 이었습니다. 그 아이들 실험을 통해 백신을 개발 하는게 위키드 진정한 목적이고 볼수있죠 우여곡절 끝에 토마스와 아이들 미로을 탈출에 성공하는데요. 탈출하고 나타난곳은 자기 실험한 연구시설 이었습니다. 이때 군인들이 갑작히 토마스 일행을 구하러 왔다고 하면서 1편이 끝나게 되는데요.