Sümbüllü Kilise, mimari olarak tek nefli ve dikdörtgen olarak tasarlanmıştır. Manastır kısmı iki kat halinde kaya kütlesi oyularak yapılmıştır.
İki katlık manastır yapısının alt kısmında bir kilise bulunurken üst kata erişim merdivenlerle sağlanmıştır.
Tek nef halinde yapılan kilisenin düz olarak tasarlanmış tavanının doğu tarafına basık bir kubbe oyulmuştur.
Kilisenin güney ve kuzey taraflarında odalar yan yana bulunmaktadır. Bu odalar doğuya doğru bir apsisle sonuçlanır.
Yapının güney kısmında tavan tamamen düz olacak şekilde yapılmıştır. Duvarların her tarafında 10. Yy ve 12. Yy lara ait freskolar bulunmaktadır.
