Il 14 giugno del 1601 laerzio Cherubini commissionò a Caravaggio un dipinto per l'altare della cappella che si era comprato nella chiesa di Santa Maria della Scala a Roma. La cappella di Cherubini era stata dedicata dai Carmelitani al transito della Vergine Maria in cielo, e qui Vi si officiavano le messe per i defunti.
Nessun documento superstite ci informa sul momento in cui l'opera fu portata a termine consegnata, ma Caravaggio dovette lavorarci intorno al 1604 ben oltre la scadenza del contratto. appena il dipinto più grande mai dipinto da Caravaggio a Roma fu posto sull'altare della chiesa trasteverina, fu subito tolto. Era l'ennesimo rifiuto per Caravaggio. D'altra parte non era pensabile per i religiosi trovarsi davanti alla scena di un lutto così vicino alla contemporaneità, a una vergine così simile alle donne del Popolo della Roma del principio del 600.
Una madonna Completamente priva di qualsiasi attributo Divino, se non quel sottile cerchio dorato dietro la testa, non poteva essere accettata. ma il motivo del rifiuto fu davvero questo oppure, come ci riportano Le cronache dei biografi di Caravaggio, i frati avevano fatto togliere quella tela perché Michelangelo aveva ritratto "in persona di nostra donna una cortigiana da lui amata" o "perché gli aveva fatto con poco decoro" la "Madonna gonfia e con gambe scoperte". Non possiamo saperlo con certezza Tuttavia il quadro suscitò un interesse tale da parte del panorama artistico intellettuale del tempo, che pittori di Roma premettero perché fosse esposto al pubblico prima del suo trasferimento a Mantova presso La Corte del Duca Vincenzo I Gonzaga.