Um es vorweg zu sagen, ist das auf jeden Fall ein sehr gut recherchierter, spannender Artikel!
Es handelt sich um ein komplexes Thema, wo die exakten Folgen einzelner Maßnahmen (wie so oft) nur schwer abzuschätzen sind.

Ich halte Bill Gates Idee einer biologischen (ohne künstliche Chemie und Gentechnik) Bekämpfung von Aedes aegypti nicht grundsätzlich für 'dumm', aber man hätte sich wohl vorher besser überlegen und genauer testen (tja, schwierig, aber man müsste darüber nachdenken, wie) sollen, wie man mit den negativen Folgen umgehen will (z. B. Resistenzbildung der Viren aufgrund hoher Mutationsrate sowie Auswirkungen von Wolbachia auf andere Arthropoden oder auch uns selbst) und wie effektiv das Bakterium die Vermehrung der Mücke und die Verbreitung des Virus tatsächlich bekämpft.
Hätte man stattdessen einen Parasiten entdeckt, der nur die Mücke infiziert, würden die positiven Aspekte möglicherweise überwiegen ...

Prinzipiell gestaltet sich die Bekämpfung von Mücken (diverser Spezies), durch die aufgrund der Übertragung von Krankheiten mehr Menschen sterben als durch alle anderen Tiere (außer den Menschen selbst!), enorm schwierig.
Mücken sind zweifellos ein absolutes Erfolgsmodell der Evolution.

Generell - unabhängig vom konkreten Thema - ist es ein immer wiederkehrendes Problem der Wissenschaft, dass von mehreren Faktoren abhängige Sachverhalte schnell unheimlich komplex werden, und dann auch seriöse Forscher mit ihren Prognosen öfter mal daneben liegen (liegen müssen). Dennoch sind wissenschaftliche Methoden immer noch der beste uns zur Verfügung stehende Weg einer Annäherung an die Realität (besser als z. B. Religion, Philosophie, Bauchgefühl, 'gesunder Menschenverstand' etc.).
Anders als z. B. Religion, verlangt es die Wissenschaft geradezu, auch Fehler einzugestehen und Zusammenhänge immer wieder neu zu überdenken und bewerten (auch wenn dieser hohe Anspruch in der Realität nicht selten am Ego einzelner, auf ihren Theorien beharrenden Individuen scheitert).